Podle § 22 odst. 2 zákona o uznávání odborné kvalifikace (dále jen "zákona") uchazeč v žádosti uvede:

Správní poplatek za přijetí žádosti o uznání odborné kvalifikace činí 2000,- Kč. Pokud jsou uznávacím orgánem profesní komory, je stanovena výše poplatku za uznání odborné kvalifikace předpisem této komory.

Průkaz totožnosti a doklad osvědčující státní příslušnost se předkládají v kopii. Uznávací orgán může požadovat originály těchto dokumentů k nahlédnutí. Doklady o odborné kvalifikaci a jiné způsobilosti uchazeče se předkládají v originále nebo úředně ověřené kopii v případech, kdy není možné pravost jejich kopií ověřit prostřednictvím administrativní spolupráce. Doklady o odborné způsobilosti a o jiné způsobilosti musí být přeloženy do češtiny, pokud v ní nejsou vydány, nebo pokud mezinárodní smlouva (Haagská úmluva o zrušení požadavku ověřování cizích veřejných listin), kterou je ČR vázána, nestanoví jinak. Má-li uznávací orgán pochybnosti o správnosti překladu a nelze-li správnost překladu ověřit prostřednictvím administrativní spolupráce, může uznávací orgán na uchazeči požadovat předložení úředně ověřeného překladu dokladu do českého jazyka tlumočníkem zapsaným do seznamu znalců a tlumočníků.

Žádost lze předložit i Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy, které ji bez zbytečného odkladu postoupí uznávacímu orgánu. Řízení o uznání odborné kvalifikace probíhá před uznávacím orgánem v českém jazyce.

Podle § 24 odst. 5 zákona je uznávací orgán povinen o žádosti rozhodnout bezodkladně, nejpozději však do 60 dnů ode dne předložení úplné žádosti, tzn. mající vyplněné všechny povinné údaje a doložené všemi doklady nezbytnými k posouzení žádosti. V případě společného řízení a jde-li o zvlášť složitý případ dle § 25 odst. 2 rozhodne uznávací orgán ve lhůtě do 90 dnů.

Po právní moci rozhodnutí uznávací je orgán povinen vrátit uchazeči doklady (doklad o odborné kvalifikací, o jiné způsobilosti a doklad osvědčující jeho státní příslušnost), pokud byly předloženy v originále nebo v ověřené kopii ve lhůtě do 15 pracovních dnů.

Uznávací orgán vydá rozhodnutí, kterým:

Proti rozhodnutí ve věci uznání odborné kvalifikace vydaným ústředním orgánem státní správy jako prvoinstančním uznávacím orgánem, lze podat rozklad podle § 152 správního řádu. O rozkladu rozhoduje ministr nebo vedoucí ústředního orgánu státní správy na základě návrhu jím ustanovené zvláštní komise - "stálé rozkladové komise". Lhůta pro podání rozkladu vyplývá z § 83 správního řádu a činí 15 dnů ode dne oznámení rozhodnutí (s výjimkou, kdy účastník řízení v důsledku chybějícího, neúplného nebo nesprávného poučení podal opravný prostředek po lhůtě - viz § 83 odst. 2 správního řádu a s výjimkou, kdy osobě, která byla účastníkem řízení, nebylo rozhodnutí správním orgánem oznámeno - viz. § 84 správního řádu). Lhůta pro vyřízení rozkladu, tj. pro vydání rozhodnutí se řídí ustanovením § 71 správního řádu.

V některých případech jsou rozhodnutí napadnutelná a přezkoumatelná soudně buď správní žalobou (§ 65 zák. č. 150/2002 Sb., správní řád soudní) nebo civilní žalobou (§ 246 zákona č. 99/1963 Sb., občanského soudního řádu). Správní žalobu lze podat tehdy, když uznávací orgán poruší svým rozhodnutím práva žadatele, když rozhodne nekompetentně, či protizákonně. Civilní žalobu lze podat tehdy, když uznávací orgán jakožto správní orgán rozhodne v mezích své zákonné pravomoci, avšak v soukromoprávní věci (§ 68 písm. b) zák. č. 150/2002 Sb.). Podle povahy žaloby jsou stanoveny i odvolací a pořádkové lhůty, platné buď pro soudní správní řízení nebo soudní civilní řízení (§ 72 zák. č. 150/2002 Sb. a § 247 zák. č. 99/1963 Sb.: "Žaloba musí být podána ve lhůtě dvou měsíců od doručení rozhodnutí správního orgánu."